Le projet du secteur des départs transfrontaliers (2005-2009) construit dans le prolongement de la jetée transfrontalière, comprend une salle de tri des bagages au rez-de-chaussée ainsi qu’un hall d’enregistrement, un point de fouille et une aire de prédédouanement à l’étage; aux étages supérieurs, un hôtel de 275 chambres de catégorie supérieure, réalisé par un consortium indépendant, complète l’ensemble. En sous-sol, un stationnement souterrain de 500 places permet d’amortir les coûts de construction de l’enveloppe de la future gare ferroviaire. Le prolongement du débarcadère supérieur vers le nouveau hall des départs transfrontaliers fait aussi partie du projet.
L’approche architecturale adoptée dans le cadre du projet précédent est poursuivie avec une attention particulière portée au traitement des surfaces de verre utilisé pour générer la nouvelle façade de l’aérogare. Cette façade, longeant le volume à double hauteur du hall des départs transfrontaliers, exploite les nouvelles technologies du verre dans la recherche de la transparence. Le nouvel édicule de la future navette ferroviaire, à la jonction avec l’aérogare existante, en est l’expression ultime alors que le verre est exploité sur l’ensemble des surfaces de ce volume, tant au niveau des murs que du toit et des planchers.